La Secretaría General es la instancia responsable de certificar actos y hechos, en los términos de Ley. El secretario General es un funcionario propuesto por el presidente Municipal y aprobado por el pleno del Ayuntamiento, sus funciones se desprenden de la ley de Gobierno y la Administración Pública Municipal del Estado de Jalisco, del reglamento de la Administración pública de Ixtlahuacán del Río, Jalisco, del bando de policía y buen gobierno y demás leyes y reglamentos.
